中心实行理事会领导下的主任负责制，理事会是领导决策机构，由跨部门、跨系统的著名科学家、情报信息专家和有关部门代表组成。理事会的主要职责是确定中心发展方向和战略规划、审核中心的财务预决算、审定中心文献采购方针和原则、监督中心的经费使用情况、评估和考核中心的运行绩效等。